言葉で説明しづらいんですが、マウスホイールやスクロールバーの矢印などでスクロール/ページ遷移を行なうとコンテンツはスクロールするのに、
1. 上端/左端にあるスクロールバー(ノブ)が全く移動しない
2. 1. の状態でマウスポインターをスクロールバー上に移動すると突然ノブが所定の位置まで移動する
3. 1. の状態でIEから別アプリのウィンドウへ切り替え、IEへ戻るとノブが所定の位置まで移動している
ノブを直接ドラッグする場合は問題ありません。
下図は最終ページを表示しているのにノブが上端から移動していないという状態を示したものです。

まあ、確かに実用上は問題ないとも言えますが。
また、文書等を拡大表示していて1ページ内でスクロールする場合ですが、マウスホイールの回転量に対してスクロール量が極端に少ないため、他のアプリケーションとのあまりのギャップに非常にイライラします。
バグ....と言っていいかどうかは分かりませんが、おもしろいものを発見しました。

なんでこんなところのウィンドウサイズが変更できるようになっているんですか? しかも下方向にしか伸びませんが?w

どこまでも伸ばせますwwww
実はバグ以外にもおかしなところがありました。本バージョンからブラウザー上でPDFを開く際になぜかツールバーが非表示になっているんですが、表示させる設定を探し当てるまでに20分もかかりました(藁)。

ここをチェックオフです。何でこれがデフォルトなんだョ。
しかも、ツールバー項目はまた最初からカスタマイズしなければならず、[表示] メニューもありません(これは前からですが)。あーめんどくさい。。。
このバージョン、いくらなんでもマヌケ過ぎ。でもどうせいずれも直さないんだろうなぁ(Adobe担当者:「タダなんだから我慢して黙って使っとけ。だいたいバグじゃない」とか言ってそうw)。
[追記:2011年1月29日(土)]
やはりスクロールバーの不具合に気づいていたのは私だけではなかったようで(^^;)。hashさんからのコメントであらためてググってみて分かりました。また、アドビ側も昨年11月の時点ですでに把握しているとのことで、もしかすると修正されるかもしれませんね。あまり期待はしていませんが。
なお、hashさんが確認された「タスクバー上に一度Adobe Readerのバーが現われ...」という現象(バーというかボタンですよね?)、私の環境でも「タスクバーにすでに表示されている他のボタンが一瞬ピクっとなる」のが確認できました。Reader Xのボタンは見えません。うちのPCの処理速度が遅いからボタン表示が間に合わないのだと思います(笑)。
私のブログでもAdobe Reader Xのバグについて記事を書きましたが、キャプチャ画面がなかったのでこちらの記事へリンクを張らせていただきました。
消えて、マウスを画面内に持って行くと
フワっと浮き上がるものになってイライラいしてました。
かなり設定を眺めましたが、こちらの記事の
設定をしてみますと一発で、表示を固定でき
大変助かりました。